北京蛋白质组研究中心致力于具有自主知识产权的蛋白质组和功能基因组的研究与开发，目标是建设国际一流的集蛋白质组科学研究与开发、技术创新、人才培养、成果转化、信息交流与技术服务于一体的国家级研究中心和基地。

中心目前已建立蛋白质表达谱、修饰谱、相互作用、定位、抗体工程、生物信息学、功能蛋白质组、功能基因组、蛋白质组新技术和蛋白质工程等尖端高通量技术平台。